Infektioyksikön tehtävänä on ohjata infektiosairauksien eli tarttuvien tautien hoitoa Satakunnassa opastamalla ja kouluttamalla lääkäreitä ja hoitohenkilökuntaa. Tärkeänä tavoitteena on hoitoon liittyvien infektioiden ja tartuntatautien ennaltaehkäisy. Pyrimme epidemioiden nopeaan tunnistamiseen ja katkaisuun yhteistyössä paikallisten toimijoiden ja kliinisen mikrobiologian laboratorion kanssa. Vaikeissa sairaala- tai tehohoitoa vaativissa infektioissa hoitava lääkäri voi konsultoida infektiolääkäriä. Infektiopoliklinikalla hoidetaan erikoissairaanhoitoa vaativia infektiopotilaita lääkärin lähetteellä.
Infektioyksiköllä on myös tärkeitä viranomaistehtäviä mm. tartuntatautirekisterin yläpito ja varautumissuunnitelmien teko.