Varjoaineröntgentutkimuksella tarkoitetaan usein samaa asiaa kuin läpivalaisututkimuksella. Tällaisessa tutkimuksessa johonkin kehon onteloon tai osaan laitetaan varjoainetta, joko suun kautta, peräruiskeena tai verenkiertoon injektoituna. Tutkittavasta kohteesta otetaan reaaliaikaista liikkuvaa kuvaa röntgensäteilyn avulla. Käytettävät varjoaineet ovat joko barium- tai jodipitoisia. Varjoainetta käytetään, jotta kaksi lähes saman tiheyksistä kudosta voidaan erottaa toisistaan. Toisissa tutkimuksissa voidaan käyttää ”lisävarjoaineena” myös ilmaa parantamassa erotuskykyä.

Yleisimmin läpivalaisututkimuksia tehdään ruuansulatuselimistön alueelle: ruokatorveen, vatsalaukkuun ja suolistoon. Muista kehon normaaleista onteloista tutkitaan esimerkiksi virtsaelimiä, sappiteitä leikkauksen jälkeen tai munasarjoja ja kohtua. Pienimpiä tutkimuskohteita ovat sylkirauhaset. Myös angiografiat ovat tutkimuksia joissa käytetään varjoainetta ja läpivalaisua. Niitä kuitenkin käsitellään omassa kappaleessaan.

Osassa läpivalaisututkimuksia on esivalmisteluohjeet. Valmisteluohjeet lähetetään kotiin tulevan ajanvarauskirjeen mukana. Tarvittaessa saa lisätietoja kuvantamisen osastolta.